Есть ли у сознания материальный носитель?

Нет. Это не отсутствие, не иное (искаженное) знание. Там же в третем томе.

Ignorance (avidyā); F 88–94
Identification of the nature of ignorance; F 88–89
[Question:] – What is ignorance (avidyā)?425  
[Answer 1:] – It is the “not”-vidyā, that which is not clear knowledge (yā na vidyā).  
[Reply:] – This is impossible, for the eye is also not-vidyā.  
[Answer 2] – It is [then] the “absence” of clear knowledge (vidyāyā abhāvaḥ) or “ignorance.”
[Reply:] – This is impossible, for an absence is not a real entity (dravya; iv, F 5); and ignorance must be a real entity, since it is a condition or cause (pratyaya).
28cd. (Thus,) ignorance is a separate factor, the opposite of clear knowledge (vidyā), like a
non-friend or enemy, the non-true or untrue, [the non-righteousness, the nonusefulness, the not-to-be-done].426 <89>
The non-friend or enemy (amitra) is the opposite [vipakṣa] of a friend and not (1) the not-friend, i.e., anyone other than a friend, or (2) the absence of a friend.  
Ṛta or satya is the truth; the non-true or untrue (anṛta) is speech that is the opposite to true speech; in the same way, non-righteousness (adharma), non-usefulness (anarthā), not-to-be-done (akārya) are the opposites of righteousness [dharma], usefulness [artha], to-be-done or duty [kārya].427  
In the same way, ignorance (avidyā)—rendered as non-knowledge—is the opposite of clear knowledge
(vidyā), a real, separate factor (dharmāntara). The Sūtra defines it as the cause or condition [pratyaya] of the (karma-)formations: from which it follows that it is not a mere negation.

ТМ

А почему наука в целом отвергает буддизм ?

Большинство специалистов сходится во мнении, что в настоящее время психология представляет собой скопление различных фактов, теорий, предположений, методологий и целей. Среди психологов нет консенсуса ни относительно того, насколько научна современная психология, ни относительно того, может ли она быть научной в принципе. Даже среди тех, кто считает возможным приведение психологии к научным стандартам, нет согласия по поводу того, к какому типу наук её следует отнести.